碳排放权交易体系即一个碳排放总量控制下的交易市场，政府通过引入总量控制与交易机制（Cap and Trade），以设定、分配碳排放配额的方式，对企业碳排放进行约束。当企业碳减排量超出政府为其制定的配额时，则需通过碳买卖市场购买对应配额，也可通过树立或支持绿色环保项目获得核证自愿减排量，以抵销部分配额。
碳排放权配额的分配一般有三种模式：有偿分配、无偿分配、混合模式。
1.免费分配是指国家向企业免费分配碳排放额度。
常用分配方法包括历史法（基于企业历史排放情况）、历史强度法（基于企业年度碳排放强度）和基准线法（基于行业能效基准）。
2.有偿分配是指国家从配额总量中预留出部分或全部配额进行拍卖/定价出售（目前主要为拍卖）。
3.拍卖就是企业通过拍卖竞价的方式有偿地获得配额，拍卖定价和各个企业的配额分配过程均由市场决定。
实践中最常适用的拍卖方式是一级密封拍卖，即所有投标人同时出价，按最高价成交，拍卖品归出价最高者所有。拍卖的方式可以使配额在公开、透明的情况下得到分配。拍卖形式给了所有企业公开、透明的获得排放权的机会。首先，从理论上来说，拍卖形式可以将温室气体排放的外部影响全部内部化。其次，采用拍卖形式进行配额分配，企业所需的配额完全由市场所决定，不需要政府进行事先测算，可以有效避免滋生寻租以及其他腐败行为。另外，政府因拍卖所得的收入后可以用于其他清洁减排项目的投资。
按固定价格出售的方式是指企业依据自身需要按照政府定价购买排放权。政府定价往往是管理当局根据市场需求以及行业碳排放强度来制定。这种分配方式实际上是政府主导与市场调节相结合的方式。按固定价格出售的方式同样可以使温室气体排放的外部影响内部化，也有利于增加政府收入。但是这种方式的弊病在于政府定价的确定。如果价格过高，同样会造成企业负担过重，使企业产生抵触情况；如果价格过低，则又失去了调节作用。
混合模式是在初期对全部配额或者绝大部分配额进行免费分配，以便碳排放交易能够尽快为企业所接受并得到推广。在碳排放交易体系发展一段时间后，逐渐地提高有偿分配在配额分配中的比例，向完全有偿分配模式过渡。
我国初期以免费分配为主，根据国家要求适时引入有偿分配，并逐步扩大有偿分配比例的做法就是混合模式。